个人简介
Personal Profile
时亚洲，男，理学博士，副教授，楚天学子。2010年，本科毕业于烟台大学；2015年，研究生毕业于武汉大学，获得理学博士学位；2015年至今工作于武汉纺织大学数学与计算机学院。 主要研究领域包括计算（系统）生物学、生物物理学和生物信息学，研究方向主要为生物大分子（如RNA）的空间结构预测及折叠机制、生命系统的数学/物理建模和复杂疾病（如肿瘤）的发病机理等。目前，在国际主流SCI期刊（如PLOS Computational Biology、Biophysics Journal、The Journal of Chemical Physics、RNA）上发表论文近二十篇，主持国家自然科学基金项目1项、湖北省自然科学基金面上项目1项、教育厅人才项目1项，并参与省部级及以上项目多项。教授的主要课程包括《统计分析》、《R语言》及《高等数学》等，并获得武汉纺织大学2018、2019年度“本科课堂教学质量”一等奖。
研究方向Research Directions
生物信息学,计算生物学,生物物理学,生物大分子建模与模拟,统计学,生信软件开发
2. 机电结构优化与控制 研究内容：在对机电结构进行分析和优化的基础上，运用控制理论进行结构参数的调整，使结构性能满足设计要求。1. 仿生结构材料拓扑优化设计, 仿生机械设计 研究内容：以仿生结构为研究对象，运用连续体结构拓扑优化设计理论和方法，对多相仿生结构(机构)材料进行2. 机电结构优化与控制 研究内容：在对机电结构进行分析和优化的基础上，运用控制理论进行结构参数的调整，使结构性能满足设计要求。1. 仿生结构材料拓扑优化设计, 仿生机械设计 研究内容：以仿生结构为研究对象，运用连续体结构拓扑优化设计理论和方法，对多相仿生结构(机构)材料进行整体布局设计。 整体布局设计。
团队展示
团队成员：张本龚教授、副院长：生物信息学、系统生物学、细胞聚类分析江健副教授：药物筛选与设计、复杂网络时亚洲副教授、楚天学子：生物大分子的结构与功能、大分子建模与模拟团队特色：基于从宏观基因数据到微观生物大分子的尺度，探索生命的奥秘。
项目情况
目前在研项目3项，经费充足。欲招收计算机、数学、物理、生物等专业方向的研究生，从事生物大分子结构预测的网络服务器开发，基于生物大分子数据库的大数据统计分析，大分子相互作用模拟，以及生命过程中基因表达建模分析等研究内容。
报考意向
招生信息
计算机与人工智能学院
硕士研究生
序号
专业
招生人数
年份
1
计算机科学与技术
1
2019
2
数学
1
2021
报考意向
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毕业院校：
所学专业：
报考类型：
博士
硕士
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备注：
提交
科研项目
1、国家自然科学基金青年项目，“RNA“接吻”复合体的空间结构及其稳定性的预测”，201701-201912， 20万；2、湖北省自然科学基金面上项目，“溶液环境中RNA空间结构的稳定性”，201901-202012，5万；3、湖北省教育厅青年项目，“RNA赝结空间结构稳定性中的序列效应预测”，201708-201812，2万；
研究成果
代表性成果如下：(1) Ya-Zhou Shi#, Feng-Hua Wang#, Yuan-Yan Wu, Zhi-Jie Tan*, A coarse-grained modelwith implicit salt for RNAs: predicting 3D structure, stability and salteffect. Journal of Chemical Physics 141, 105102 (13pages), 2014.(2) Ya-Zhou Shi, Yuan-Yan Wu, Feng-Hua Wang, Zhi-Jie Tan*, RNAstructure prediction: Progress and perspective. Chinese Physics B 23(07), 078701(10 pages), 2014 (Review).(3) Ya-Zhou Shi, Lei Jin, Feng-Hua Wang, Xiao-Long Zhu, and Zhi-JieTan*, Predicting 3D structure, flexibility and stability of RNA hairpins inmonovalent and divalent ion solutions. Biophysical Journal 109, 2654-2665, 2015.(4) Zhi-JieTan*, Wenbing Zhang*, Ya-Zhou Shi,and Feng-Hua Wang, RNA Folding: Structure prediction, folding kinetics and ionelectrostatics. Advances in Experimental Medicine and Biology 827, 143-183,2015 (Review).(5) Lei Bao#, Xi Zhang#, Ya-Zhou Shi, Yuan-Yan Wu, Zhi-Jie Tan*, Understanding the relativeflexibility of RNA and DNA duplexes: stretching and twist-stretch coupling.Biophysical Journal 112, 1094-1104, 2017.(6) Ben-GongZhang, Ya-Zhou Shi*, 3Dstructure stability of RNA hairpin controlled by loop size. IEEE 29thChinese Control and Decision Conference, 2017, 6821-6825, 2017.(7) Ya-Zhou Shi#, Lei Jin#, Chen-Jie Feng, Ya-Lan Tan, Zhi-Jie Tan*, Predicting3D structure and stability of RNA pseudoknots in monovalent and divalent ionsolutions. PLoS Computational Biology 14, e1006222 (23pages), 2018.(8) Lei Jin#, Ya-Zhou Shi#, Chen-Jie Feng, Ya-Lan Tan, Zhi-Jie Tan*, Modelingstructure, stability, and flexibility of double-stranded RNAs in salt solutions.Biophysical Journal 115:1403-1416, 2018.(9) YiYang, Qi Gu, Ben-Gong Zhang, Ya-ZhouShi*, Zhi-Gang Shao*, A novel knowledge-based potential for RNA 3Dstructure evaluation. Chinese Physics B 27, 038701 (9 pages), 2018.(10) Ya-ZhouShi, Xiangpeng Li,Ben-Gong Zhang*, Traveling wave solutions of two nonlinear wave equations by (G’/G)-expansionmethod. Advances in Mathematical Physics 2018, 8583418 (8 pages), 2018.(11) Lei Jin, Ya-Lan Tan, Yao Wu, Xunxun Wang, Ya-Zhou Shi*, Zhi-Jie Tan*, Structurefolding of RNA kissing complexes in salt solutions: predicting 3D structure, stabilityand folding pathway. RNA 117, 74-86, 2019.(12) Ya-Lan Tan, Chen-Jie Feng, Lei Jin, Ya-Zhou Shi, Wenbing Zhang*, Zhi-Jie Tan*,What is the best reference state for building statistical potentials in RNA 3Dstructure evaluation? RNA 25, 793-812, 2019.(13) Ben-Gong Zhang, Hua-Hai Qiu, Jian Jiang,Jie Liu, Ya-Zhou Shi*, 3D structurestability of the HIV-1 TAR RNA in ion solutions: A coarse-grained model study. Journalof Chemical Physics 151, 165101 (12 pages), 2019.(14) Li Yuan, Zhihao Guo, Wenjie Cao, Yong Luo, Ya-Zhou Shi*, An integrated tool forRNA 3D structure prediction and analysis. IEEE 33th Chinese Control andDecision Conference, 2021 (Accepted).
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